Apps e file dopo formattazione

Ciao a tutti!
Mi è già capitato in passato ed ho anche cercato in giro, ma nulla: quando formatto il mio dispositivo (Acer Liquid Mini) mi capita che successivamente non mi trova tutte le applicazioni precedentemente installate sulla SD (ma comunque presenti), e mi tocca formattarla e reinstallare tutto da capo.
La formattazione la eseguo con la micro SD inserita.. E' questo che sbaglio? Se dovessi formattarlo senza SD dopo le apps le ritrovo tutte?
Rispondete il prima possibile, grazie! :D