Aggiungerle manualmente in che senso?
Una volta attivate le sperimentali (se non ricordo male nei primi post ci sono gli screen di come vanno settate), automaticamente le app con notifica GMC push dovrebbero "passare".
Controlla di avere attivato il modulo Greenify in Xposed e, in impostazioni/sicurezza/ amministratori dispositivo, che Greenify ci sia e sia flaggata.
Se è tutto ok e non funziona, prova a entrare in recovery e fare wipe cache e dalvik cache.
Edit
Se ancora non ricevi le notifiche, esclusi le app incriminate da Greenify, fai un backup dei loro dati, disinstallale, fai wipe cache e dalvik cache, riavvia e reinstallale, controlla che così funzionino e prova a greenifizarle nuovamente. Se neppure a questo punto ricevi le notifiche... Non greenifizzarle.
A me, con un paio di rom, è capitato di non riuscite a far funzionare le notifiche di tapatalk e wahtsapp, nonostante avessi fatto tutto il necessario... Alla fine c'ho rinunciato.