Se hai il sistema operativo "impallato" c'è da sudare, i tanti driver che hai installato possono creare problemi, collega il Nexus vai in Computer > Proprietà > Gestione dispositivi e vedi se riesci ad identificare e cancellare i drives associati al Nexus Samsung ecc.
Dopo vai di toolkit, esegui prima l'opzione per la rimozione dei driver e dopo li reinstalli!