successe anche a me con la stock ma rootata.
in seguenza avevo:
- terminato l'applicazione
- candellato i dati dell'app messaggi.
- riavviato il terminale
e da allora non mi è capitato più!
Ma non serve per forza una custom ROM per risolvere. Per prima cosa, prova a fare un hard reset del telefono da Impostazioni/Backup & ripristino/Ripristino alle impostazioni di fabbrica (ovviamente questa procedura cancellerà tutti i tuoi dati, quindi fatti una copia dei file importanti). Dopodiché, dicci come va, dovrebbe risolvere il problema. Poi magari, prova a non installare le app che ti possano sembrare sospette...