Premetto il "se non sbaglio", Marshmallow via zip si può installare anche se si ha bootloader sbloccato e il root, MA non via OTA (cit.), quindi facendo gli adeguati wipe e flashando tutta la rom, per la seconda domanda la risposta è si: facendo tutti i wipe tranne l'internal storage (che è comunque consigliato) e flashando bootloader e radio più lo zip si può aggiornare senza perder nulla, o meglio perdendo solo il root, che comunque si può rifare come scritto (se non sbaglio) nel primo post
Edit: Sto facendo un restore.. se ne penserà domani con più lucidità