È possibile che Sky Go riconosca qualche altro programma che utilizza il root. Ad esempio a me dava problemi con busybox e disinstallandolo all'occorrenza (in un post precedente ho spiegato come) ho risolto.
Altre app, invece, non danno nessun problema. L'ideale sarebbe partire da un sistema appena formattato e procedere per tentativi...