I due tools non fanno altro che replicare per te gli adb e fastboot command , come ti ho già scritto in precedenza potresti avere dei problemi su alcune app visto che passi da LP a MM quindi qualche cosa potrebbe non funzionare più nel modo giusto.
Io ti consiglio un flash dell'ultima factory image a sistema pulito e poi reinstalli le app e dati con calma.
Ci sono tante app tra le più famose titanium bk x queste situazioni.
PS USA il tasto thanks x i ringraziamenti.