Ciao
Cosa intendi per impostazioni di sistema ? Ad ogni modo si tutto resta inalterato app incluse
Flashando boot e system della 4.4.2 senza avviare il sistema ma andando in recovery custom ( c'e l'hai vero ??) in pratica elimino tutto ciò che darebbe fastidio alla OTA
Dopo devi rimettere il root e, se vuoi, un kernel custom