Le preference vengono salvate da android in un posto a cui normalmente non hai accesso, dovresti usare solo le API che ti mette a disposizione per leggere o scrivere le preference della tua applicazione.
Quella cartella data/data/ è proprio una delle cartelle nascoste dove vengono salvati i dati delle applicazioni, non ti serve a niente accedervi direttamente, e nemmeno ti serve un file xml separato, fa tutto SharedPreferences!