Non ti seguo, il SuperSU da solo i permessi di Root alle app che ne hanno bisogno, nulla più. Non mostra "tutte" le app scaricate.
Da quel che ricordo non c'e' nessuna impostazione per nascondere le app che hanno i permessi di Root dalla schermata di SuperSU, solo le notifiche si possono disattivare per ogni singola app, basta fare clic sopra l'app e poi "Notifiche=Disabilitato" oppure disabilita globalmente dalle impostazioni, ma non conviene.