pacchetti di icone dovrebbero esisterne già fatti, come launcher il classico nova dovrebbe andare, icone per la navbar si trovano o te le fai, per modificare le app tipo "telefono" "messaggi" ecc...
apri il .zip della rom -> system -> app, apri ad esempio dialer, che è sempre un archivio, cartella "res" e poi modifichi i .png, li sostituisci ed è fatta.
se invece vuoi fare modifiche più profonde di un semplice cambio di disegno/colore, devi moddare gli xml, però poi devi decompilare e ricompilare il tutto.