Secondo me ti conviene fare i wipe da recovery... per fare una installazione pulita devi fare: wipe cache, data, dalvik (se usi cwm lo trovi nel menu "advanced"), system (se usi cwm lo trovi nel menu "mount")... dopo di che installi la rom+gapps+eventuali mod+eventuali kernel...
Se vuoi, in aggiunta, cancellare in toto il contenuto del telefono (quindi anche immagini, video, doc, ect) quindi formattando anche la memoria del telefono che usi come archiviazione, devi fare il wipe della sd (lo trovi sempre nelle opzioni di wipe)... in questo caso ricorda di salvare tutto quello che ti serve!!!!!! Facendo così non rimarrà niente