E' impossibile che il nuovo ramdisk non crei il boot.img del kernel e che ti ritrovi quello della Cm, è un metodo infallibile...
L'unica cosa che mi viene in mente è che non hai busybox installato nel telefono o che è vetusto o corrotto, oppure la CM11 ha dei problemi (con le ultime nightly hanno avuto problemi disastrosi) e per qualche ragione impedisce la creazione del boot.img !