Potresti provare ad usare Nexus Root Toolkit, ci sono diverse guide... segui il tread apposito.
Segui le istruzioni per l'installazione dei driver che ti vengono suggerite dal toolkit stesso (è in inglese ma davvero semplice da capire).. successivamente tramite toolkit puoi flashare la factory image (ricordati che qualunque sia il procedimento, manuale o tramite toolkit, perderai tutti i dati all'interno). In alternativa potresti fare come succerisce step11 (te lo consiglio anche io) mettendo il file della rom da flashare e delle gapps sempre tramite toolkit in quanto c'è un pulsantino che ti permette di trasferire file dentro il nexus)
EDIT.
Ma hai provato a fare un wipe cache, dalvik, data .. entrando in recovery? (come penso saprai con il wipe data perderai tutte le tue applicazioni e le informazioni in esse contenute, ma tutti i file personali della memoria interna saranno salvi)