la recovery custom è quella "cosa" che ti permette di flashare le rom, flashare le mod, di fare i backup completi del sistema e altre belle cose.
twrp è il nome di questa recovery. ce ne sono anche altre come la cwm ecc.
alcune prime versioni non erano protette e a qualcuno si è cancellata la sd.
con questa non succede. io la uso e ho fatto tutte le prove proprio per le paure che avevi tu. non si è mai cancellato nulla