Alla fine ho risolto installando prima Kinguser per avere i permessi di root, togliendo i file root manualmente nella cartella bin e xbin così facendo ho tolto il root dal telefono completamente e poi rifatto la procedura pulita con il zip di supersu.
Ora mi chiedo, volendo portare il dispositivo completamente stock e ricevere gli aggiornamenti ota, qual è la procedura? Flashare via fastboot i file .img del dump postato in questo topic? Grazie mille a chi mi risponderà