Non sono sicuro che sia un bug fisso presente nella Cyano, però sicuramente non è la prima volta che mi capita, l'ho visto anche con altre ROM. Sto scaricando l'ultimissima Cyano nightly, poi la installo e verifico se il problema si presenta ad ogni riavvio/spegnimento, ti faccio sapere!
Nel frattempo ho lanciato il test con Antutu.. mentre aspetto che arriva la Cyano , punteggio 18934 per quanto inutile sia
Edit: sto provando la Cm 12.1 di oggi 2 maggio e ti confermo che non ha questo problema. Mi ha chiesto una sola volta la selezione della sim (a parte la fase di configurazione iniziale) dopo che ho attivato il riavvio avanzato nelle opzioni sviluppatore. Poi ho installato diverse app, riavviato e spento più volte, e non è più comparso il messaggio sulla scelta della sim.