Teoricamente potresti flashiare direttamente perchè sia Aerokernel che FauxKernel vanno a sovrascivere oltre al kernel (boot.img) anche la cartella modules in /system/lib
Su XDA però consigliano prima di tornare a stock (ripristinando kernel e modules stock) e poi flashiare il nuovo kernel.
Io però non ho capito bene il motivo di questo doppio passaggio.