quello delle app lo fai con titanium..
il back up dell'intera rom si fa da recovery
entra in recovery e fai back up and restore --> back up
e ti fa il back up di qualsiasi cosa (rom, kernel, tweak installati, app, dati nella momroia interna) TUTTO , tranne l'sd.
io lo faccio ogni domenica, così se mi crasha la rom, o smanettando per sbaglio faccio un casino io torni in recovery e fai il restore e torna tutto come a domenica scorsa (che avevo fatto il back up)
questi vengono salvati su sd e occupano un sacco di memoria. sono nella cartella clockwork mod e sono ordinati in ordine di data. cancellali sempre lasciando gli ultimi due più recenti per sicurezza.