Se la disinstalli non perdi i temi ma poi come fai a reinstallarla?
Prova in recovery a dare, wipe cache e dalvik, format system, in mounts and storage e riflashi la rom, non perdi nessun dato o impostazione.
L'avvio lento è normale, è un file messo di proposito, se vuoi toglierlo con un file manager con i permessi di root, vai nella cartella init.d che si trova in system/etc e cancelli loopy smootness.