Lo setta al BOOT TIME. Quando gli script in /etc/init.d vengono eseguiti. Poi, quando il boot è finito partono le applicazioni. Tra le quali SetCPU o NO Frills CPU se le hai settate per applicare i valori dopo il boot. Se le hai settate tutte e due l'ultima che viene eseguita prende il sopravvento.
Certo che a volte vi perdete in un bicchiere d'acqua..