Sinceramente non so. Non ho mai provato. Comunque se hai la recovery fa il nandroid prima e poi al limite se qualcosa va storto lo ripristini. Visto che vai a modificare solo la partizione system, solo questa ripristini.
Inoltre puoi farti una coppia di tutti file che stai per sostituire, in questo modo puoi ripristinarli se poi non funziona quello nuovo. Inoltre installa un launcher alternativo per non rimanere senza se succede qualcosa.