tutti gli apk contengono un file chiamato "odex" che rappresenta la parte ottimizzata dell'app prima di porterla avviare, e grazie a questo file il boot delle rom originali odex può essere più veloce perchè gran parte delle app sono già precaricate nella memoria cache.
nelle rom "deodexed" invece questi file vengono tolti dalla memoria cache e rimangono all'interno dell'app stessa e questo permette poi di modificare qualunque applicazione senza che poi i vari file vadano in conflitto.
spero di essere stato abbastanza chiaro