Prima del flash della rom DEVI fare un backup da recovery, ti conviene scegliere backup to ext-sdcard, se nn l'hai già fatto.
I wipe da fare sono: wipe*cache - dalvik - data/factory,*poi da mounts and storageformat cache - data - system - preload lascia stare il battery stats.
Di che app parli? Comunque esistono app che effettuano backup completi di app e dati tipo Titanium
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