Wipe Data/Factory Reset: questa opzione cancella tutti i dati sul dispositivo. Il telefono torna nello stato in cui era quando è stato acquistato o alla installazione iniziale di una custom ROM. Inoltre elimina i dati presenti su un'eventuale partizione EXT.
Wipe Cache: cancella tutti i dati memorizzati nella cache. Raccomandata quando si installa una nuova ROM oppure un Kernel via recovery
Wipe Dalvick Cache: consente di pulire la cache per la macchina virtuale Dalvik (la custom-built Java Virtual Machine per Android). Necessaria prima di installare una ROM e in altre occasioni anche per evitare l'insorgere di alcuni problemi o di correggerli, se presenti.
Trovi la guida completa (in inglese) qui:
What Is ClockworkMod Recovery And How To Use It On Android [Complete Guide]
ciao