A meno che non hai fatto danni con le partizioni non c'è bisogno del file PIT.
Il kernel CoCore ti servirebbe solo per aver la recovery custom, perché la CyanogenMod, una volta installata, lo sovrascriverà con il suo (NON flashare CoCore DOPO la CyanogenMod, NON sono compatibili!). In parole povere allungheresti solo il processo inutilmente, oltre al fatto che hai anche già avuto problemi con CoCore.