Il format system serve a pulire tutta la partizione system, quella che ospita la ROM.
Se non lo fai rischi che non vada a buon fine il flash.
Molte ROM hanno il format system incorporato nell'update script: cioè la fanno in automatico al momento dell'installazione ma, a meno che non sia esplicitamente scritto sulle istruzioni di flash della rom, non lo puoi sapere a priori per cui di regola va sempre fatto.
Il format preload è la cancellazione della partizione preload necessaria di solito alle ROM base jb.
Le KitKat non usano la preload oppure la usano per scopi diversi.
Normalmente quindi, sulle rom kk non serve fare il format preload a meno che non sia scritto nelle istruzioni di flash della rom. Ma il farlo non da alcun problema, anzi.