la cartella keep è normale che poi sparisca.. infatti devi eliminare i file da quella cartella dopo i 2 "yes" e prima di finire la compilazione..
per le dipendenze metti il SystemUI, framework-res, twframework-res (e lidroid-res se presente) nella carella other e dal Prompt dei comandi scrivi questo:
codice:java -jar apktool.jar if SystemUI.apk java -jar apktool.jar if framework-res.apk java -jar apktool.jar if twframework-res.apk java -jar apktool.jar if lidroid-res.apk