Provo a risponderti io..
1. È indifferente dove lo metti perché nella recovery c'è la possibilità di selezionare sia la memoria esterna (installare from sd) oppure la interna (install from internal sd)
2. Lo script cleaner serve per pulire il sistema prima di flashare il nuovo Kernel, lo puoi scaricare dalla prima pagina è flasharlo come se volessi installare qualcosa dalla sd
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