Allora prima fai sempre un backup da Recovery. presumo tu abbia abilitato il root (anche perche sennò non puoi fare nulla di nulla...)
dopodiche ti crei da uot kitchen la tua rom e la flashi sopra la base (che può essere tanto un firmware stock - es kk5 - tanto 1 rom).
Credo che le app dovrebbe mantenerle (ovviamente a meno che tu faccia un full wipe cosa che cmq consiglio) almeno a me da kk5 checkrom a rom mia lo aveva mantenuto.