Non è normale ovviamente, sembra come se si fosse corrotta la partizione /data e se fosse così purtroppo non c'è molto da fare..
Ricordi per caso di aver installato magari un'app o Xposed se lo usi con qualche modulo in particolare che potrebbe aver causato ciò?
Con le prove che hai fatto escludi sicuramente un problema nella partizione di sistema.