Allora fai cosi:
scarichi la rom intera(in versione flashable), l'updater interno non va d'accordo con la twrp custom, quindi dimenticatelo
Riavvi in recovery, flash della rom e del SuperSu.zip per riavere i permessi di root.
Wipe cache e dalvik e riavvii.
Aspetta......ecco, dopo un po' hai il sistema aggiornato, senza perdere nulla.