attento ai permessi, non so se è il caso di mettere roba in /data/data ... meglio che tralasci le impostazioni e metti solo gli apk in /data/app se li vuoi disinstallabili o in /system/app se vuoi che risultino app di sistema (e che non occupino spazio in /data soprattutto).
ah ovviamente se hai aggiunto nello zip una directory data/, devi aver aggiunto nel /META-INF/com/google/android/updater-script qualcosa tipo package_extract_dir("data", "/data"); e forse anche il mount prima (è da un pezzo che non metto mano agli update-script, e devo dire che quando lo facevo erano diversi )