Link2sd su alcuni smartphone non riconosce la ext3 (anche se non so perchè ), sul mio galaxy gio ad esempio non l'ha riconosciuta e mi dava lo stesso errore, così io ho ripartizionato la sd in tutti i modi possibili, e pure a me funziona solo la ext2.
Non ci dovrebbero essere problemi , ma se ci saranno ripartiziona la sd (stavolta in ext2! ).
Per quanto riguarda le 2 app di sistema, non cancellarne più perché potresti fare danni seri , e ricorda che dopo il rootaggio dello smartphone perdi la garanzia! (visto che hai link2sd dovresti già averlo rootato )