Allora prova così. Potrebbe essere una soluzione. è un pò lunga ma potresti risolvere. Ripristina i messaggi poi scarica questa ap:
https://play.google.com/store/apps/d...VwUmVzdG9yZSJd
fai nuovamente un backup e successivamente nelle opzioni di ripristino (sarà necessario avere sul telefono un file manager) spunta la voce controlla duplicati. E dovrebbe ripristinarti i messaggi in modo normale