Facendo il backup della rom salvi anche tutte le app presenti, ma con questo backup non puoi estrarle nella nuova rom.
Per non perdere le app si utilizza titanium backup scaricabile dal market, con la quale fai il backup di tutte le app utente + dati, NON fare il backup delle app di sistema. In questo modo nella nuova rom ripristini il backup delle app che hai fatto con Titanium