Dai tempi di Xperia U, flashtool si è evoluto (graficamente è ancora molto simile)..
Con l'attuale Flashtool c'è compreso il collegamento ad Xperia Firmware che contiene quasi tutti gli FW mondiali stock di tutti gli Xperia (o almeno quelli abbastanza recenti), perciò è sufficiente fare la corretta scelta di FW da installare e lo si scarica direttamente con Flashtool.
Personalmente ancora non l'ho mai usato, ma so che funziona così..