Dubbio Titanium Backup

Scusate una domanda...
io ho usato Titanium per DISINSTALLARE le app preisntallate nel sistema (non le ho congelate ma disinstallate!). Quindi sono state eliminate....
La cosa che non capisco e che gradirei qualcuno mi spiegasse è perchè, una volta che ho disinstallato le app se faccio un "ripristino impostazioni di fabbrica" (reset) quelle app che ho disinstallato non ritornano più!! Nemmeno dopo il reset!!! Perche? Facendo un completo ripristino non dovrebbero ritornare?????? Come mai non ci sono più anche dopo il ripristino?

Domando questo perchè avevo fatto questa scoperta nel mio LG Optimus One e mi bastava solamente ri-flashare la rom per ritrovare tutto quanto... ma siccome ora ho un Galaxy S Advance con SOLO il root mentre il firmware, recovery e tutto il resto è tutto di fabbrica (stock) mi romperebbe un po le scatole il fatto di perdere "per sempre" le app pur facendo un ripristino di fabbrica...

Grazie a chi mi saprà dare delucidazioni....