Modifica ROM - Come e cosa avviene dopo la Decompilazione?

Ciao a tutti
ho letto e trovato molto interesanti tutte le guide pubblicate su come creare una custom rom, dalla preparazione dell'ambiente di cucina e "sviluppo" della custom rom fino alla decompilazione di ogni singolo apk, ma da qui al reimpacchettamento di una rom modificata e ricompilata, io, non ho trovato nulla. :(

Perciò la o le domande son queste;
- che cosa avviene, o che si fà una volta arrivati al decompilamento degli apk di sistema?
- come trovo dove introdurre tutte le varie mod, personalizzazioni, o eventuali porting da altre rom?

...anche conoscendo la programmazione Java, i soli APK di sistema (come il secSettings, il framework-res o il SystemUI) sono composti da una miriade di cartelle piene di altrettanti file, contenenti migliaia di righe di codice, e passarle al vaglio tutte, credo che la cosa sia impraticabile o_O

- esiste un modo per sapere dove precisamente intervenire, per modificare, togliere o aggiungere piacimento foci, funzioni o parametri di "qualsiasi" cosa?
che ne sò, un'altra guida, un'elenco più o meno completo che riporta i riferimenti sul codice alle parti principali dell'interfaccia android... oppure le uniche indicazioni sono le guide sulle MOD applicabili, presenti su XDA!?!?!