Problemi con rom 4.2.1

Da quando ho flashato la aokp 4.2.1 sul mio galaxy nexus inanzitutto ho notato che tutti i file zip messi nella sd quando avevo la 4.1.2 non compaiono più nel file manager che ho installato bensì compaiono dalla custom recovery, sono anche spariti i backup effettuati con titanium e invece mi si sono ripristinate automaticamente le applicazioni dal playstore, poi volendo installare una rom diversa ho copiato i file zip di quest' altra rom nella sd e da clockwork mod recovery aggiornata all' ultima versione questi file zip non compaiono proprio e invece vengono visti dal file manager (root browser lite). Ora, è certo che sia cambiato qualcosa con android 4.2 ma non capisco cosa e non capisco come ovviare questo problema.