Problema con AlertDialog

Ho un problema con l'alertdialog in questo codice, non riesco a capire perche l'alert quando c'è un inserimento sbagliato, viene visualizzato corettamente, ma troppo velocemente scompare non mi permette nemmeno di premere ok e passa direttamente alla terza activity mentre dovrebbe permettermi di correggere l'inserimento sbagliato. Spero che mi possiate aiutare

secondo.setOnClickListener(new OnClickListener(){
public void onClick(View arg0) {
try{
for(int i = 0; i < r1; i++){
for(int j = 0; j < c1; j++){

vettore1[t] = Integer.parseInt(valore[i][j].getText().toString());
t++;

}
}
}
catch(NumberFormatException nfe){
AlertDialog.Builder builder;
builder = new AlertDialog.Builder(SecondaAttivita.this);
builder.setTitle("Error");
builder.setMessage("Wrong input format");
builder.setIcon(android.R.drawable.ic_dialog_alert );
builder.setNeutralButton("OK", new DialogInterface.OnClickListener() {
@Override
public void onClick(DialogInterface dialog, int which) {
}
});
builder.show();
}

intent1.putExtra("matrice1", vettore1);
intent1.putExtra("righe_p", r1);
intent1.putExtra("colonne_p", c1);
intent1.putExtra("colonne_s", c2);
startActivity(intent1);

}
});

ciao qualcuno sa come fare un alert bloccante mi spiego ho fatto una applicazione che ha bisogno per l'elaborazione di alcuni parametri in innput, ho fatto un alerdialog mio che mi chiede una stringa in input e tutto funziona ma il problema e che non è bloccante, quindi si apre si l'alert ma il resto del programma continua nella esecuzione io invece devo bloccare tutto finche l'utente non abbia compilato l'alert e premuto il tasto di conferma sul' alert un po simile ad una alert html... come faccio a farlo in android esiste qualcosa del genere????? ciao grazie...