Programma concessione privilegi di ROOT: se lo cambio così va bene?

Ciao a tutti,

Per fare il ROOT uso il programma a interfaccia grafica NEXUS ROOT TOOLKIT.

Mi da la possibilità di scegliere già al momento del root la RECOVERY che preferisco o di sceglierne un'altra già scaricata (ho deciso per la stessa che ho sul 7 Plus la 6.0.1.0 NON touch, giusto per sapere dove già si trovano le opzioni e come usarle)...

Una volta fatto il ROOT (oggi l'ho fatto per un amico) mi installa un programma differente da quello che uso sul 7 Plus: su quest'ultimo uso Superuser... e c'è un semplice programma per verificare il root (rootchecker, o un nome simile)... Io dopo il ROOT facendo un wipe dati, mi ha cancellato tutte queste App, probabilmente perché non erano messe nella partizione di sistema, ma quella dell'utente... al riavvio successivo ho messo Superuser e tutto ha funzionato correttamente... però volevo chiedevi: si può come ho fatto io cambiare il programma per gestire gli accessi ai privilegi di root? oppure dovevo continuare ad usare qual programma che mi sono trovato installato? Non vorrei che ci fossero casini, ma da quello che ho capito, sul Nexus è come cambiare privilegi di accesso ad una cartella cosa che prima non si aveva... quindi danni non dovrei averli fatto...