Format dopo root

Ciao ragazzi.
Non trovo una discussione dove si parla di questo per cui ne faccio una nuova. Ho un Htc explorer con permessi di root ( me l'ha sbloccato un amico perche io nn ci arrivavo :p ). Anche se sposto i programmi nella sd il cell mi si intasa sempre dicendomi che la memoria e insufficiente anche se magari ho ancora una decina di mb liberi. Ho super user e uso link2sd ma a causa di queto problema volevo formattarlo.. che precauzioni devo prendere? se faccio ripristina impostazioni di fabbrica perdo i permessi di root?o_O