Allora ragazzi ho risolto, il problema era più banale del previsto.
Seguendo tutto il procedimento ho tralasciato un passaggio che potrebbe sembrare inutile ma non lo è, la SDext va NECESSARIAMENTE formattata tramite PC in EXT4.
Il partizionatore della CWM e il piccolo script che formatta la SD prima del flashing sono dei passaggi molto blandi e vanno perciò presi con le molle.
Questo è il vero problema di S2E.
Adesso va tutto OK.
Un ringraziamento particolare ad Andryx che, anche se non mi sono servito del suo aiuto, mi ha consigliato un paio di volte anche in PVT.