Il bootloader non è presente nella rom. Lo dovrai aggiorna tu manulamente con odin se richiesto per la rom. Cosa intendi per problemi? Che tipo di problemi?
Non è il bootloader ufficiale che attiva knox, ma un bootloader "modificato" che permette anche il downgrade. Quindi se vorrai tornare indietro alla 4.1.2, e hai messo il bootloader della 4.3, dovrai rimette il bootloader della 4.1.2.
In rilievo in questa sezione modding c'è un guida sull'hard install consigliata per passare da una 4.1.2 ad una 4.3 (link ) . Se è la prima volta che flashi una 4.3 avrai il problema del wifi e dovrai scegliere se flashare il bootloader o il fix di dr.ketan sempre con odin. Anche qui cosa intendi per incasinare il telefono?
Se vorrai tornare indietro e hai messo il fix ti bastera mettere la speedwizz in recovery, riseguire un hard install e basta. Se flashi il bootloader per la 4.3 e vuoi ritornare alla 4.1.2 (speedwizz) dovrai rimettere il bootloader vecchio altrimenti avrai problemi.
Tutto questo è riassunto con link e altro in questo post nel thread della ditto: link
Chiaramente la scelta di usare o il fix o il bootloader è a discrezione dell'autore della rom. Nel senso che lui potrebbe consigliare per la sua rom di usare o il bootloader o il fix. Ma questo non toglie che tu puoi fare di testa tua.