i binari sono i file nella cartella system/xbin (mi pare stiano li), quelli che danno i diritti di root, ovvero i file SU e BUSYBOX.
senza quelli installati nella memoria di sistema non hai nessun root, anche se hai le apk installate.
dopo un flash di una rom stock, quei binari sono sovrascritti dai file normali, quindi ti ritrovi:
telefono stock per quanto riguarda la partizione system
le vecchie app nella memoria data (tutte, copresi gli aggiornamenti delle vecchie app di sistema).
cmq se vuoi disinstallarele dopo il flash no problem