Ciao. Mah, il fatto che lo script ti modifichi inizialmente i valori significa che funziona.
Però... fammi capire...Lo Script funziona un avvio si ed il successivo no? Ho capito bene?
P.S. hai settato correttamente i Permessi allo Script nella Cartella init.d?
Devono essere così settati. rwxr-xr-x