Il wipe data fa solo il wipe data. E' l'equivalente di fare un ripristino ai dati di fabbrica, solo che da recovery (almeno per me) è più sicuro.
Il format system, formatta la partizione dove si trova il sistema operativo (cioè la rom/firmware) di circa 500 mb e passando da rom samsung a rom aosp (come cyano) è consigliato farlo (ma non obbligatorio).
Il full wipe include il wipe data + wipe CACHE + wipe dalvik cache. Inutile farlo dopo aver flashato la rom e le gapps.