Ripristino totale Xperia Sole

Ciao a tutti!
Come da titolo vi espongo il mio problema.
Ho un Xperia Sole con custom rom, ma tutto modificato con le guide di XDA. Le modifiche che ho effettuato sono il blocca schermo di JB, la barra delle notiche, il boot animation di avvio e la schermata di chiamata (quella bianca di JB tanto per intenderci).
Ho i permessi di root e ho la CWM recovery touch, apposta per chi non ha il bootloader sbloccato, come me..
Volevo sbloccare il bootloader e ci ho provato.. tutto direi che è andato bene ma al riavvio il dispositivo era ripristinato senza le app installate da me.
Visto che voglio cambiare CWM ho flashato il dispositivo con flashtool ma le modifiche che avevo fatto prima (CWM, blocca schermo ecc) sono rimaste tali e quali, mentre come ho letto su XDA sarebbero dovute cambiare.
Inoltre non so se ho il bootloader sbloccato ora, perchè andando nel service menù *#*#7378423#*#* mi dice ancora "Yes", esattamente come prima che facessi lo sblocco!

Io comunque vorrei ripristinare il cellulare tutto daccapo, senza CWM e quelle modifiche che ho fatto.
Dopo sbloccherei il bootloader e otterei i permessi di root ancora, installerei una CWM di mio gradimento perchè voglio cambiare rom e mettere la Cyanogen..

Sapete dirmi come posso fare?

Grazie mille!:)