Non vorrei dire una baggianata ma tempo fa ebbi un problema analogo e mi ricordo che risolsi cercando sul menu del file manager voce tipo "esplora come root" e anche "monta volume mnt come root" ma non sono preciso sulla seconda opzione.
Poi googlando scoprii che anche se hai il root, alcuni explorer necessitano di una ulteriore conferma, appunto "naviga come root" o qsa del genere.
Ulteriore opzione, se quando avvii il file manager dici no a SU che ti chiede se vuoi dargli i permessi di root... puoi immaginarti.